Dans une première partie de son parcours, Edouard Zarifian a étudié la question de la psychopharmacologie et des traitements biologiques de la maladie mentale, avec des recherches faisant autorité dans le domaine. En poste à Clermont-Ferrand, puis nommé au CHU de Caen comme Professeur et chef de service, il oriente tout son travail à la fin des années 80 vers la psychothérapie psychanalytique, non sans avoir dénoncé au passage l'influence massive de la puissante industrie pharmaceutique sur la construction du savoir médical en psychiatrie, et sur les prescriptions médicamenteuses.

Edouard Zarifian a également été nommé par le Ministère de la Santé pour procéder à de grandes études nationales sur la consommation de psychotropes en France, attirant déjà l'attention sur la surconsommation française de psychotropes au travers d'un rapport publié en 1996.

Il a publié de très nombreux articles scientifiques, et un certain nombre d'ouvrages dont "Les jardiniers de la folie" (1988), "Des paradis plein la tête" (1994), "Le prix du bien-être: psychotropes et sociétés" (1996), "La Force de guérir" (1999) et "Le goût de vivre" (2005). Pour la plupart ces ouvrages sont accessibles au grand public et témoignent d'une approche humaniste de la souffrance psychique et du soin.